拡張編集ウインドウに動画ファイルをD&Dします。
特に編集などをしなら
読み込むファイルに合わせるにチェックを入れ
OKをクリックします。
MMDで音声を読み込まず、AviUtl上で合成する場合は音声ファイルも
拡張編集ウインドウにD&Dします。
その際、Layerに追加された音声ファイルをドラッグして動画ファイルの先頭に合わせます
(音ズレなどで意図しズラす場合もドラッグして移動させます。)
拡張編集ウインドウで音声ファイルを選択した状態で設定ダイアログから音量調整ができます。
MMD上で音声ファイルを読み込んで動画と一緒に出力した際に、音ズレがある場合はメニューバーから
フィルタ→
音声の位置調整である程度調整できます。